Quando se diz que o verbo concorda com o sujeito, subentende-se que o verbo deve concordar com o núcleo do sujeito. Na frase apresentada, o sujeito é “a solução dessas questões”, sendo seu núcleo a palavra “solução”. Logo a frase correta quanto à concordância deve ser “Caso a solução dessas questões não seja encontrada”.

Todo sujeito de oração pode ser substituído por ele(s) ou ela(s), mas a escolha da flexão do pronome é determinada pelo núcleo do sujeito. Como em “a solução dessas questões” o núcleo é “solução”, a substituição do sujeito pelo pronome dará “Caso ela não seja encontrada”. Ela quem? A solução.

Esse tipo de erro ocorre porque a pessoa se deixa influenciar pelo plural que determina o núcleo. Mas deve-se observar que o que não é encontrado é a solução, e não “essas questões”. Portanto, “Caso a solução dessas questões não seja encontrada”.